Shaders y múltiples render backends

Uno de los problemas de tener un motor que permite usar D3D y OpenGL es que no hay forma de asegurarse que los shaders funcionen bien en ambos. El caso es que si usas GLSL, no funcionará en Direct3D y si usas HLSL, lo mismo. En teoría Cg es neutro, porque proporciona varios perfiles. En la vida real, solo hay compatibilidad asegurada entre tarjetas/APIs cuando usas el perfil más básico, de shader model 2 hacia arriba te puedes encontrar que, casualmente, las cosas no funcionan en una ATI. La solución es brindar programas Cg para diferentes perfiles, lo cual, me parece a mí, es un lío.
La otra solución, suponiendo que estés escribiendo tu propio motor, es usar un solo API: OpenGL o Direct 3D. En ambos casos es un poco limitado.